Langsam wurde deutlich, dass die Kongregation aus personellen Gründen nicht mehr in der Lage war diese Einrichtungen weiter zu führen. Deshalb wurde auf dem Generalkapitel 1998 der Beschluss gefasst, die die Einrichtungen in eine Stiftung zu überführen.
Die „Jacob Friedrich Bussereau Stiftung“ nach staatlichem und kanonischen Recht als Stiftung des öffentlichen Rechtes besteht seit 2002. Die Kongregation der Schwestern vom hl. Paulus übertrug ihr die Trägerschaft und das Eigentum aller ihrer Einrichtungen mitsamt den Immobilien. Im Besitz der Kongregation verblieb nur die Kapelle und das Mutterhaus in Herxheim, wo bis heute die Schwestern der Kongregation leben.